“git checkout gh-pages”を入力し、マージしたい先のブランチに移動するとあるのですが、これをGit Bashのターミナルに入力すると、 fatal: not a git repository (or any of the parent directories): .gitとでてきます。どうすればいいですか。

AutonomousRacecar

マージしたいレポジトリがあるディレクトリまで移動してください。
ディレクトリの中身を見たければ、lsコマンドで確認できます。
移動したいディレクトリ名があれば、cdコマンドで移動できます。